(† 1900, память 7 июня (старый стиль) — 20 июня (новый стиль))
Родился 20 февраля 1826 года в семье диакона Тульской губернии с. Вышнего Суворчего.
Обучался в Тульской духовной семинарии.
В 1849 году окончил Киевскую духовную академию со степенью магистра богословия и оставлен в академии бакалавром.
11 октября 1849 года пострижен в монашество.
6 ноября 1849 года рукоположен в иеродиакона и 7 ноября 1849 года – во иеромонаха.
21 декабря 1854 года возведён в сан архимандрита.
С 1856 года – инспектор Киевской духовной академии.
С 6 октября 1858 года – ректор Киевской духовной семинарии и настоятель Богоявленского монастыря, а с 1859 года – ректор академии.
С 6 октября 1860 г. – ректор Петербургской духовной академии.
12 июня 1861 года хиротонисан во епископа Выборгского, викария Cанкт-Петербургской епархии, с оставлением в должности ректора.
С 12 января 1864 года – епископ Саратовский и Царицынский.
В Саратовской епархии он обратил внимание на недостаточность средств в борьбе с расколом и основал с этой целью «Братство Святого Креста». Он же был первым и главным жертвователем в пользу братства. Братство высылало в епархию своих миссионеров, которыми впоследствии были по большей части лица, обратившиеся из раскола. «Братство Святого Креста» было первым обществом, основанным для борьбы с расколом. По его образцу затем стали возникать и другие с той же целью. По инициативе митрополита Иоанникия, при братстве образовалось богатое собрание старопечатных книг, часто посещаемое даже самими раскольниками. При этом же братстве открыты были публичные собеседования с раскольниками, в которых Преосвященный Иоанникий принимал непосредственное участие. Для содействия братству в борьбе с расколом, учение о расколе в духовной семинарии было выделено им в самостоятельную кафедру. Изучение раскола велось, главным образом, по старопечатным книгам, причём ученикам семинарии вменено было в обязанность по очереди являться на публичные собеседованияи составлять о них отчёты, разбираемые затем на уроках. При том же братстве впоследствии возникли: бесплатная столовая для бедных, помещающаяся под братской библиотекой, ремесленная школа, или учебно-заработный дом для бедных детей, и духовно-просветительный союз. Последний, в дополнение к полемическим задачам братства – борьбе с расколом, поставил своею целью распространение духовного просвещения, особенно в низших классах населения, путём религиозно-нравственных чтений и распространения душеполезных книг. Впоследствии духовно-просветительный союз открыл филиальные отделения не только в городах, но и во многих сёлах Саратовской епархии.
Благодаря митрополиту Иоанникию, Саратовская епархия одна из первых завела у себя училище для девиц духовного звания. Доброе дело началось добровольной подпиской давшей сумму в несколько сот рублей. Остальная сумма была взята из местных епархиальных средств. На эти средства было куплено для училища особое помещение. Плата за содержание и обучение в этом училище была назначена настолько умеренная, что в училище стали поступать даже дочери псаломщиков. Кроме того, оказалось возможным давать бедным девицам по окончании курса пособие на первоначальное обзаведение, или оставлять их до приискания места в различных должностях при училище. Устройством женского епархиального училища он пришёл навстречу насущной потребности Саратовского, особенно сельского духовенства, нуждавшегося в дешёвых средствах образования своих дочерей. При отсутствии этих средств, девицы духовного звания часто оставались без всякого образования и нередко по той же причине без куска насущного хлеба. При Саратовском женском училище по его почину в скором времени образован был приют для малолетних бедных детей духовенства, которые по своему возрасту нуждаются в уходе, а по своему сиротству – в крове отеческом. По мысли основателя этот приют стал не только убежищем от бедности, но вместе и воспитательным учреждением, и как бы ступенью к дальнейшему образованию. Несколько лет спустя, та же отеческая рука открыла при училище-приюте отделение для престарелых священно- и церковно-служителей, куда могли поступать лица, послужившие церкви и требующие по своим немощам посторонней помощи.
Главный источник епархиальных средств, необходимых на содержание помянутых благотворительных и просветительных учреждений, митрополит Иоанникий нашёл в доходах свечного епархиального завода. Как основание епархиального завода, первого по времени в России, так и прочная постановка его операций принадлежали исключительно его стараниями и энергии.
С 13 июля 1873 года – епископ Нижегородский и Арзамасский.
14 февраля 1877 года возведён в сан архиепископа.
С 8 декабря 1877 года – архиепископ Карталинский и Кахетинский, Экзарх Грузии.
С 1881 года член Святейшего Правительствубщего Синода и почётный член Казанской духовной академии.
С 27 июня 1882 года – митрополит Московский и Коломенский.
С 17 ноября 1891 года – митрополит Киевский и Галицкий.
С 31 января 1892 года почётный член Московской духовной академии.
14 мая 1896 года награждён бриллиантовым крестом для ношения на митре.
С 25 декабря 1898 года был первенствующим членом Св. Синода. Скончался 7 июня 1900 года в Голосеевской обители.
Погребён в Кресто-Воздвиженской церкви Киево-Печерской Лавры, на Ближних Пещерах, рядом с митрополитом Арсением (Москвиным).
Источник: Русские православные иерархи : период с 1893-1965 гг. : [Каталог] / Митр. Мануил (Лемешевский). — Куйбышев, 1966. / Ч. 3: Давид (Качехидзе) – Иоан (Штальберг). – 414 с.